مع بداية اتجاه جورجيا إلى الاستقلال عن الاتحاد السوفيتي، تنامى الشعور لدى الأبخاز بخطر فقدان الهوية والعيش في الجمهورية المستقلة، لتبدأ أول جولات الصدام والعنف بين الجانبين يوم 16 تموز 1989 في سوخومي قتل أثنائها 16 جورجياً. لقد كان الزعماء الجورجيون في السابق دائماً ما يشككون في طبيعة الهوية القومية للأبخاز مدعين بأنها كيان اصطناعي، وأنهم ورقة روسية للضغط على جورجيا. أعتبر كثيراً من الأبخازيين تفتت الاتحاد السوفيتي فرصة ليبطلوا صلتهم بقرار الضم الذي كانت قد اتخذته جمهورية جورجيا السوفيتية عام 1931 بحق أبخازيا. وأخذ التوتر يتصاعد بين الانفصالين والقوميين الجورجيين فقتل في تموز من عام 1989 عشرون شخصاً خلال الصدامات العرقية الداخلية في عاصمة أبخازيا سوخومي. وفي 28 تشرين الاول 1989 أصبح زفياد غامساخوريا رئيساً لجورجيا، وفي 9 آذار 1990 أعلن استقلالها. وقد تبنت حكومة جورجيا الجديدة سلسلة من التدابير التي اعتبرتها الأقليات انتهاكات خطيرة لحقوقها. وفي آب 1990 أعلن مجلس السوفييت الأعلى في جمهورية أبخازيا المستقلة وبغياب أعضائها الجورجيين أن أبخازيا دولة قومية ذات سيادة وتتصرف أبخازيا منذ تلك اللحظة على أنها بلد مستقل. وفي الوقت الذي رفضت جورجيا التصويت سنة 1991 لصالح البقاء ضمن الاتحاد السوفياتي، صوت الأبخاز بنسبة عالية لفائدة البقاء ضمن الاتحاد. وأعلنت أبخازيا استقلالها عن جورجيا يوم 23 تموز 1992، وقامت على إثرها جورجيا بارسال قواتها الى إقليم أبخازيا وشهدت المنطقة نزوح الآلاف من الأبخاز والروس والأرمن واليونانين.

واستمرت الحرب بين الطرفين مدة عام تكبد الجانبان فيها خسائر كبيرة، واستطاع الجورجيون السيطرة على المنطقة لفترة محدودة. ونتيجة الدعم الذي تلقاه الأبخاز خصوصاً من عدد من القوميات الأخرى كدعم أخوة الدم الأديغة من الجمهوريات الأديغيا، قرتشاي - تشركيسيا، وقبردينو -  بلقاريا، والذين كان دعمهم سبباً في استقلال الجمهورية، حيث وصلت الحشود الغير نظامية من شمال القوقاز لدعم الأبخاز مدعومة من قبل القوات الروسية بالأسلحة والإسناد الجوي، فأجبرت القوات الجورجية على الانسحاب من أبخازيا. لتنتتهي المواجهات العسكرية سنة 1993 بسيطرة الأبخاز على العاصمة سوخومي. وقد خلفت حوالي ثلاثة آلاف قتيل من الأبخاز.

عرفت أبخازيا انتخابات رئاسية سنة 2004 حيث دعمت روسيا رئيس الوزراء راوول غاجيمبا، لكنه خسرها لصالح سيرجي باغبش، ونتيجة لنشوب توترات بين المتنافسين تم التوصل الى شراكة سياسية بين الجانبين، حيث تملك أبخازيا برلماناً مقره سوخومي ويمثل كامل طوائف الشعب الأبخازي، ويسود أبخازيا جو سياسي ديمقراطي ووجود تعدد الأحزاب وتنافس نزيه في الإنتخابات وتداول سلمي على السلطة الغير موجود في كيان العدو الجورجي.